Służba wojskowa
W pierwszych tygodniach wojny światowej, będąc we Lwowie u swych teściów Kwiatkowski zgłosił się wraz z kilku kolegami z Zarzewia do Komisji Kwaterunkowej Legionu Wschodniego. Komisja ta jednak szybko uległa likwidacji. Powrócił więc do Lublina, gdzie przy pomocy członka Zetu, inż.Stefana Dażwańskiego, uruchomił lokal dla pracy niepodległościowej pod szyldem Czytelni Mieszczańskiej. Dnia 30 lipca 1915 r. witał ułanów Beliny-Prażmowskiego, którzy pierwsi wkroczyli do Lublina. W kwietniu 1916 r. wstąpił Kwiatkowski do Legionów i po krótkim okresie przeszkolenia został ściągnięty przez Jana Dąbskiego, zaprzyjaźnionego ludowca, byłego redaktora "Kuriera Lwowskiego", do biura werbunkowego w Chełmie. W mieście tym z kolegą Stanisławem Sasorskim, redaktorem narodowo-demokratycznego "Głosu Lubelskiego", uruchomił nowe pismo "Głos Ziemi Chełmskiej, którego formalnym redaktorem był miejscowy księgarz Piotrowski. Gdy władze austriackie odkryły współdziałanie Kwiatkowskiego z "Głosem Ziemi Chełmskiej, wezwały go do raportu i odkomenderowały na przymusowe przeszkolenie do 6 Pułku Piechoty Legionów w Dęblinie, a później do obozu szkoleniowego w Zamborowie.
W lutym 1918 r. Kwiatkowski jako żołnierz POW przeżywał wraz z całym społeczeństwem protest Polski przeciw traktatowi zawartemu w Brześciu z Ukraińcami. Wraz z innymi żołnierzami POW z Łukowa znalazł się w listopadzie 1918 r. w bardzo trudnej sytuacji. Niemiecki oddziały wojskowe przesuwały się z Brześcia wzdłuż linii kolejowej na zachód, zamierzały opanować Luków i Siedlce. Oddziały te zaatakowały wyzwolony przez POW Międzyrzec, a także Łosice i Janów Podlaski. Umowa o ewakuacji wojsk niemieckich z Królestwa podpisana 16 listopada 1918 r. uratowała sytuację.
Minister Przemysłu i Handlu
Dnia 28 lutego 1919 r. minister robót publicznych mianował inż. Kwiatkowskiego starszym referentem Sekcji VI Mechanicznej w Ministerstwie Robót Publicznych z płacą 100 mk miesięcznie. W marcu 1920 r. Kwiatkowski wyjechał w charakterze członka delegacji ministerstwa do Berlina. W 1920 r. związał się ze Spółką akcyjną Polskie Towarzystwo Gazownicze (Warszawa, Mazowiecka 6), która prowadziła Fabrykę Chemiczną Produktów Suchej Destylacji Drzewa w Hajnówce.
Dnia 9 stycznia 1923 r. prof. Ignacy Mościcki, dyrektor generalny Spółki Akcyjnej "Azot", administrator Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie, zaproponował Kwiatkowskiemu objęcie funkcji dyrektora technicznego i szefa oddziału ekonomicznego w fabryce chorzowskiej prawem głosu w sprawach administracyjno-ekonomicznych. Z żalem zrezygnował z pracy na Politechnice Warszawskiej, a Rada Wydziału, dziękując mu za pracę, wyraziła nadzieję, że jego powrót do Warszawy będzie jednocześnie powrotem do pracy na Politechnice. Po objęciu nowego stanowiska Kwiatkowski otrzymał mieszkanie w fabryce chorzowskiej oraz pobory w wysokości 824 tys. marek. W zbiorach archiwum Kwiatkowskiego zachowało się zameldowanie policyjne z 24 kwietnia 1923 r. z Chorzowa, z którego wynika, że wcześniej Kwiatkowski mieszkał w Pruszkowie pod Warszawą przy ul. Klonowej 29, skąd przeniósł się do Państwowej Fabryki związków Azotowych w Chorzowie wraz z żoną Leokadią , synem Janem Jerzym i córką Anną Gabrielą.
